Đại lễ 1.000 năm Thăng Long – Hà Nội được Chính phủ Việt Nam tổ chức thực hiện trên cơ sở hệ thống văn bản ban hành của Trung ương, thành phố Hà Nội và ba tỉnh là Phú Thọ, Bắc Ninh, Ninh Bình. Cụ thể như:

• Ngày 18 tháng 6 năm 2008, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Tấn Dũng đã ban hành Quyết định số 759/QĐ-TTg về việc thành lập Ban Chỉ đạo Quốc gia kỷ niệm 1.000 năm Thăng Long. Theo đó, ông Nguyễn Sinh Hùng, Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ làm Trưởng ban và các thành viên là đại diện thành phố Hà Nội; các tỉnh Bắc Ninh, Ninh Bình, Phú Thọ và các cơ quan trung ương: Ban Tuyên giáo Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Văn phòng Chính phủ, Bộ Ngoại giao, Bộ Xây dựng, Bộ Tài chính, Bộ Khoa học và Công nghệ, Bộ Giao thông vận tải, Bộ Quốc phòng, Bộ Công an, Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, Viện Khoa học Xã hội Việt Nam, Bộ Thông tin và Truyền thông, Hội Văn học Nghệ thuật Việt Nam, Hội Khoa học Lịch sử Việt Nam.[1]
• Các Bộ, cơ quan trung ương của chính quyền có nhiều văn bản hướng dẫn, chỉ đạo tổ chức đại lễ.[2]

Hà Nội đã có những chuẩn bị cho kỳ đại lễ, như chương trình lễ hội và xây dựng các công trình đặc biệt. Trong quá trình chuẩn bị, cũng có nhiều bất cập xảy ra:

• Lót đá hồ Gươm: Hà Nội chuẩn bị 50 tỷ để lót đá xanh quanh hồ Gươm, tuy nhiên mới lót được khoảng phân nửa thì gặp sự phản biện của dân chúng nên tạm ngưng.[3] Cũng như ngưng nạo vét hồ Gươm. Người dân sống hai bên đường Liễu Giai và đường Văn Cao cũng phản ánh là "Tiền tỉ lát vỉa hè cũng như không".[4]
• Cổng chào: Lúc đầu, Hà Nội dự định lên phương án kiến trúc xây dựng 5 cổng chào của TP Hà Nội với kinh phí lên đến 50 tỉ [5]], tuy nhiên tạo nên nhiều ý kiến trái chiều, do đó vào tháng 8, lãnh đạo Hà Nội đề nghị chỉ làm 7 mô hình cổng chào.[6] Tuy nhiên, phương án cuối cùng là chỉ làm những cổng chào bằng hoa.
• Sơn sửa nhà phố cổ màu vàng,[7] tuy nhiên nhiều hộ dân cho là việc thực hiện quá ẩu, nặng về hình thức.
• Trục tâm linh Hồ Tây – Ba Vì – Thăng Long: Hà Nội nhiều lần thay đổi quan điểm về việc xây dựng đường xa lộ này.[8]
• Các công trình xây dựng chậm tiến độ và ngổn ngang bừa bãi sát ngày đại lễ khiến Hà Nội thành như một "đại công trường", khắp nơi ngổn ngang xây dựng làm giảm số lượng du khách đến Hà Nội, trong 3 tháng đầu năm đã giảm 7,2% so với cùng kỳ năm ngoái, khoảng 273.000 lượt người, dù trong khi đó, lượng khách quốc tế đến những vùng khác của Việt Nam tăng tới 36%).